Die Deportation der jüdischen Einwohner Aachens begann mit der Zwangsumsiedlung aus ihren Häusern und Wohnungen in Sammellager. Eines dieser Lager befand sich am Grünen Weg. Von dort aus wurden die jüdischen Opfer unter Aufsicht von SS und Polizei zur nächstgelegenen Straßenbahnhaltestelle gefahren.

Von dort wurden sie mit Sonderzügen zum Aachener Hauptbahnhof gebracht. Dort warteten bereits die Deportationszüge, die aus Güterwagen bestanden, auf sie. Oft fuhren die Züge zunächst nach Düsseldorf, wo sie aus verschiedenen Orten zu einem großen Transport zusammengestellt wurden. Alles war organisiert, auch die Transportkosten. Nach dem Tarif der dritten Klasse wurden den Opfern 4 Reichspfennige pro Person und Kilometer berechnet. In der Regel waren die Züge, die aus bis zu 45 Güterwaggons bestanden, mit 1.000 Personen besetzt.

Bei Kriegsende waren 2.000 bis 3.000 Menschen in den Güterwaggons eingepfercht. Vier Menschen pro Quadratmeter. Ohne ausreichende Ernährung, ohne Toiletten. Die Fahrten dauerten Tage: Wie die Menschen in den Waggons damit zurechtkamen, kann man sich kaum vorstellen. Während des Zweiten Weltkriegs wurden alle jüdischen Bürger Aachens, die sich nicht vorher in Sicherheit gebracht hatten, deportiert. Insgesamt sieben Transporte gingen von Aachen aus in die Konzentrations- und Vernichtungslager. Die Deportationen in Aachen begannen im März 1942 und endeten im September 1944.

Im Oktober 1944 war der Hauptbahnhof bei der Befreiung schwer umkämpft. Die 1. und 30. amerikanische Infanteriedivision hatten die Höhen südlich und westlich von Aachen eingenommen, was zu einem Angriff auf Aachen führte. Nach heftigen Kämpfen, die zu einer teilweisen Zerstörung des Bahnhofs führten, endete am 21. Oktober 1944 die militärische Auseinandersetzung in Aachen. In der Folgezeit wurde der Hauptbahnhof schnell wieder aufgebaut, da er von den Alliierten aus logistischen Gründen benötigt wurde.