Am 22. November 1944 wurde er bei einem Treffen mit mehreren Widerstandskämpfern in der Handelskammer in Utrecht verhaftet. Er wurde in der König-Willem-III-Kaserne in Apeldoorn festgehalten. 10 Tage lang wurde er brutal gefoltert, aber er sagte kein Wort. Am 2. Dezember 1944 wurde er zusammen mit 14 anderen Widerstandskämpfern und einem amerikanischen Kriegsgefangenen hingerichtet. Sie wurden auf dem Friedhof "Heidenhof" in Ughelen beigesetzt.

Johannes van Zanten war als Widerstandskämpfer während des Zweiten Weltkriegs von großer Bedeutung. Eine berühmte Heldentat, an der er beteiligt war, war der so genannte Briefmarkenraub in Tilburg, zusammen mit der bewaffneten Widerstandsgruppe von Soest. Dank der erbeuteten Briefmarken konnte vielen Untergetauchten geholfen werden, sich mit Lebensmitteln zu versorgen.

Eine zweite wichtige Tat von Johannes war die Rettung von 16 Fallschirmjägern, die sich bei einer Notlandung in der Nähe von Opheusden gerade noch rechtzeitig aus dem Flugzeug retten konnten. Sie wurden von Johannes' Widerstandsgruppe aufgenommen und auf dem Hazenhof in Kesteren untergebracht. Nach drei Nächten wurden sie über die Waal bei IJzendoorn in das befreite Gebiet gerudert.

Wie bereits erwähnt, endete sein Leben auf dramatische Weise am 2. Dezember 1944 in der König-Willem-III-Kaserne in Apeldoorn. An der Kaserne wurde zum Gedenken an 15 Widerstandskämpfer und den gefallenen amerikanischen Kriegsgefangenen ein so genanntes Findlingsdenkmal errichtet. Jährlich findet am Freitag vor dem 2. Dezember eine Gedenkfeier statt.

Das Leben von Johannes van Zanten wird in einem Buch von Conny van der Heyden-Versnel mit dem Titel "Zu Unrecht angeklagt" beschrieben.

Nach dem Krieg wurde Johannes van Zanten am 3. Juli 1945 auf dem alten Friedhof in Kesteren beigesetzt. Das Denkmal an seinem Grab besteht aus einer abgebrochenen Säule, die den plötzlichen Abbruch seines Lebens symbolisiert. An seinem Grab findet am 4. Mai in Kesteren der jährliche Gedenktag statt.