Gabčík und Kubiš waren auch bei der Bombardierung der Škoda-Rüstungsfabrik aktiv. Ab dem 17. April 1942 hielten sie sich in Pilsen auf, zusammen mit den Fallschirmjägern Adolf Opálka und Josef Valčík. Am 23. April gesellte sich der Fallschirmjäger Karel Čurda von der Fallschirmjägergruppe Out Distance zu ihnen. Am 27. Mai 1942 führten Gabčík und Kubiš die Operation Anthropoid durch. Heydrich wurde bei dem Angriff verwundet und erlag am 4. Juni 1942 seinen Verletzungen.

Die Angreifer versteckten sich zunächst bei zwei Prager Familien und suchten später Zuflucht in der Kathedrale der Heiligen Kyrill und Methodius (bis 1935 als Karel-Boromejsky-Kirche bekannt), einer Kathedrale der tschechischen und slowakischen orthodoxen Kirche in Prag. Die deutschen Truppen konnten sie nicht ausfindig machen, bis Čurda sich der Gestapo stellte. Gegen ein Kopfgeld von 1.000.000 Reichsmark verriet er die Namen der lokalen Kontaktpersonen der Mannschaft. Dazu gehörte auch die Familie Král, die im Dezember 1942 die Widerständler in ihrer Wohnung an dieser Adresse beherbergt hatte und dort am Mittwoch, dem 17. Juni, am Tag nach Čurdas Verrat, verhaftet wurde.

Waffen-SS-Truppen belagerten die Kirche, konnten die Angreifer aber trotz aller Bemühungen von 750 SS-Soldaten unter dem Kommando von SS-Gruppenführer Karl Fischer von Treuenfeld nicht lebend fassen. Sie brachten auch Čurda mit, der versuchte, sie durch Rufe zur Kapitulation zu bewegen: "Kamarádi, vzdejte se! Nic se vám nestane! Mně se také nic nestalo." (übersetzt.Kameraden, ergebt euch! Euch wird nichts passieren! Mir ist auch nichts passiert.) Daraufhin feuerten die Fallschirmjäger zurück und schrien: "Jsme Češi! Nikdy se nevzdáme, slyšíte? Nikdy!" (übersetzt: "Wir sind Tschechen! Wir werden uns niemals ergeben, hört ihr? Niemals!").

Opálka und Bublík wurden nach einem zweistündigen Feuergefecht auf dem Gebetsboden getötet. Kubiš wurde angeblich bewusstlos aufgefunden und erlag kurz darauf seinen Verletzungen.Gabčík, Valčík, Jaroslav Švarc und Jan Hrubý nahmen sich nach wiederholten SS-Angriffen das Leben. Dabei wurde versucht, sie mit Tränengas aus der Krypta zu vertreiben, und sie wurden von Feuerwehrfahrzeugen geflutet.Im SS-Bericht über den Kampf ist von fünf verwundeten SS-Soldaten die Rede. Die Männer in der Kirche hatten nur Pistolen, während die Angreifer über Maschinengewehre, Maschinenpistolen und Handgranaten verfügten. Nach der Schlacht bestätigte Čurda die Identität der toten tschechischen Widerstandskämpfer, darunter Kubiš und Gabčík.

Die Gedenktafel hier wurde 1997 enthüllt, die beiden Büsten kamen 2014 hinzu.