Zahlreiche Unterlagen wurden verbrannt und der Rest verpackt und zusammen mit den Lagerinsassen fortgeschafft. In der Nähe von Lauenburg (heute Lębork) ließ die SS jedoch die Unterlagen in einem Straßengraben zurück. Als die Rote Armee durch dieses Gebiet kam, barg sie die Dokumente und schickte sie an den Hauptvorstand des Polnischen Roten Kreuzes in Warschau. Gegenwärtig bewahrt das Museumsarchiv 69.000 Archiveinheiten (125 laufende Meter) auf. Das Museum befindet sich in einigen der früheren Lagergebäude. So ist die ehemalige deutsche Kommandantur zum Beispiel jetzt das Kino. Es gibt Dauerausstellungen mit Videos und Ausstellungsstücken: Gegenstände des Lagerlebens, heimlich von Insassen hergestellte Dinge und Kunstwerke (Zeichnungen, Bilder, Portraits, Zierkästchen, Ringe, Siegelringe und Kreuze) und dem Gedenken an die Opfer von Stutthof gewidmete Nachkriegskunstwerke. So versucht das Museum, das Erbe des Lagers zu bewahren und zu erforschen und den Besuchern die Brutalität und Unmenschlichkeit des Krieges vor Augen führen.