Während der Mobilisierung 1939 wurde das Fort als Infanteriestützpunkt hergerichtet. Es diente als Vorposten für die Grebbeline. Um das Fort herum wurden sieben Kasematten errichtet und Gräben und Schützenlöcher ausgehoben. Bei Kriegsausbruch, am 10. Mai 1940, war das Fort bald umstellt. Einen Tag später blieb nichts anderes übrig, als sich zu ergeben.

Da das Fort an der Flussmündung ein Orientierungspunkt für Flugzeuge war, wurde dort ein deutsches Flugabwehrgeschütz (FLAK) aufgestellt. Die deutschen Besatzer brachten in der Festung auch Soldaten und Kriegsgefangene unter.

Nach der Befreiung kehrten die Bewohner des evakuierten Pannerden in ihr weitgehend zerstörtes Dorf zurück. Da es an allem fehlte, wurden viele Baumaterialien (vor allem Holz und Ziegelsteine) aus dem Fort für den Hausbau verschrottet. Später wurde auch eine Menge Munition gefunden, die während des Krieges dort deponiert worden war.

Heute ist das Fort Pannerden ein Museum mit vielen Aktivitäten für Jung und Alt.