Zu Beginn des Krieges wurde dieser Konzertsaal aus dem neunzehnten Jahrhundert umgebaut. Doch als die restaurierte Halle am 20. Mai 1941 wiedereröffnet wurde, nutzten die deutschen Besatzer das Gebäude und seine Einrichtungen häufig. Anfang November 1941 fand beispielsweise eine große Versammlung des so genannten Arbeitsbereichs der NSDAP in den Niederlanden statt, bei der unter anderem Seyss Inquart sprach. Im Januar des folgenden Jahres wurde ein Konzert für die Winterhulp (Winterhilfe) organisiert, eine Propagandaaktion der NSB nach deutschem Vorbild, bei der Geld für den Kauf von Gütern für arme Menschen gesammelt wurde, um ihnen über den Winter zu helfen. Im April wurden in einer großen Feierstunde Jungen und Mädchen im Alter von 10 Jahren in die Hitlerjugend und den Bund der Deutschen Mädel aufgenommen. Der Zeitpunkt der Veranstaltung war so gewählt, dass sie auf den Vorabend von Hitlers Geburtstag fiel. Im Oktober 1942 fand im Musis Sacrum ein weiteres NSDAP-Treffen statt, an dem auch Seyss Inquart teilnahm. Anton Mussert von der NSB nahm ebenfalls an Sitzungen in diesem Gebäude teil. Auf diese Weise wurde der Krieg fortgesetzt.

Dieses Gebäude diente nicht nur als Versammlungsort für die Besatzungstruppen, sondern wurde von den Deutschen auch als Erholungsheim, ein so genanntes "Wehrmachtsheim", genutzt. Deutsche Soldaten konnten sich hier unter anderem bei Filmvorführungen und Aufführungen entspannen.

Während der Schlacht von Arnheim erhielt das Musis Sacrum eine völlig andere Funktion. Aufgrund der Bauweise des Gebäudes und der Nähe des Kampfgebiets um die Brücke wurden hier ab Dienstag, dem 19. September 1944, gefangene Briten gesammelt. Das Musis Sacrum war nicht das einzige Gebäude, in dem dies geschah, auch in der Eusebiuskirche, der Walburgiskirche und im Duivelshuis wurden Briten gefangen gehalten. Einige Tage später, als am Donnerstag, dem 21. September, die Kämpfe um die Brücke beendet waren und die Briten kapituliert hatten, wurden die britischen Soldaten im Musis Sacrum versammelt und von diesem Sammelpunkt aus in Gefangenschaft abgeführt.