In der zweiten Novemberhälfte 1944 erreichten britische Truppen die Maas in Nord-Limburg und das am Ostufer gelegene Afferden geriet in die Schusslinie. Ende 1944 sprengten deutsche Soldaten, die sich auf dem Rückzug befanden, die Mühle – ein Schicksal, das viele Mühlen in Nord- und Mittel-Limburg ereilte. Hohe Gebäude konnten schließlich als Aussichtsposten für die vorrückenden Alliierten herhalten. Nach dem Krieg wurden sofort Pläne geschmiedet, die Mühle in ihrem alten Glanz wieder aufzubauen. Wegen der hohen Kosten, verwarf man dies jedoch wieder. Die Mühle konnte dennoch gerettet werden. Als die St. Josephmühle in Heide-Venray im Laufe der 1950er Jahre abgerissen wurde, wurden Teile davon zum Wiederaufbau nach Afferden transportiert. 1958 wurde die Getreidemühle wieder in Betrieb genommen.