Die heutige Weidendammer Brücke wurde zwischen 1894 und 1896 nach einem Entwurf des deutschen Architekten Otto Stahn errichtet, um die Vorgängerbrücke zu ersetzen. Vor dem Zweiten Weltkrieg wurde die Brücke umgebaut, da unter ihr ein neuer U-Bahn-Tunnel angelegt wurde. Die Brücke überstand das alliierte Bombardement während des Zweiten Weltkriegs. Nach Hitlers Selbstmord am 30. April 1945 spielte die Brücke eine zentrale Rolle beim Versuch deutscher Soldaten und des Führerbunker-Personals, aus dem umzingelten Stadtzentrum zu fliehen. Eine Gruppe angeführt von SS-General Wilhelm Mohnke, dem Befehlshaber des zentralen Berliner Verteidigungssektors, mied diese Brücke und überquerte die Spree stattdessen über eine nahe gelegene Fußgängerbrücke. Eine zweite Gruppe, der unter anderem Hitlers Parteisekretär Martin Bormann, der letzte Leiter der Hitlerjugend Artur Axmann und Hitlers Leibarzt Ludwig Stumpfegger angehörten, schloss sich mit der Kampfgruppe der SS-Division „Nordland“, anderen Wehrmachtsoldaten und einigen Zivilisten zusammen.

Der gepanzerte Hauptangriffstrupp der Gruppe, ein Königstiger-Panzer unter dem Kommando des SS-Unteroffiziers Georg Diers und ein selbstfahrendes Sturmgeschütz, griffen in der Nacht vom 1. auf den 2. Mai 1945 die sowjetischen Stellungen auf der anderen Seite der Brücke an. Beide gepanzerten Fahrzeuge wurden von der Roten Armee von der nahe gelegenen Ziegelstraße aus unter schweren Beschuss genommen, wodurch die auf ihnen sitzenden Soldaten und Zivilisten verwundet oder getötet wurden. Auch Axmann wurde dabei verwundet. Bormann und Stumpfegger hingegen wurden nach einem Treffer vom Königstiger geschleudert, setzten ihren Flucht nach einer kurzen Verschnaufpause jedoch fort. Axmann, der für kurze Zeit von den beiden getrennt worden war, stieß später auf die Leichen von Bormann und Stumpfegger. Die beiden Männer hatten in der Nähe des Lehrter Bahnhofs (dem heutigen Berliner Hauptbahnhof) Selbstmord begangen. Weitere deutsche Gruppen unternahmen an dieser Stelle Ausbruchsversuche, von denen die meisten scheiterten.

Nach dem Krieg wurde die Brücke von den Ostberliner Behörden vollständig repariert. Von 1992 bis 1994 wurde sie von der Stadtverwaltung des vereinten Berlins umfangreich saniert.