Der Berlin Story Bunker wurde 1942 als Anhalter Hochbunker errichtet, nachdem der Befehl für den Bau von Luftschutzbunkern in der Nähe bestimmte Verkehrsknotenpunkte erteilt wurde. Zum Bunker gehörten nicht nur Schutzräume für Reisende und Anwohner, sondern auch Räume und Büros für die Spitzenfunktionäre der Deutschen Reichsbahn. Der Bunker umfasste drei oberirdische und zwei unterirdische Stockwerke, die von bis zu viereinhalb Meter dicken Wänden geschützt wurden. Der Anhalter Bahnhof selbst wurde im Februar 1945 schwer beschädigt, der Bunker blieb jedoch weiterhin funktionsfähig.

Im April 1945 bildete der Bahnhof ein Schlüsselelement der Verteidigung der Stadt und wurde von SS-Streitkräften der französischen Division Charlemagne verteidigt. Der Anhalter Bahnhof und der Bunker kamen am 26. April in Reichweite der Artillerie der sowjetischen 8. Gardearmee, deren Einheiten versuchten, den nahen Landwehrkanal zu überqueren, dessen Brücken die deutschen Truppen bei ihrem Rückzug zerstört hatten. Zu diesem Zeitpunkt war der Bunker mit Einwohnern aus dem Süden Berlins überfüllt: Mindestens 10.000 Menschen, die vor der vorrückenden sowjetischen 8. Gardearmee geflohen waren, hielten sich in seinem Inneren auf. Dies führte zu katastrophalen Zuständen, da die Versorgung mit Lebensmitteln, Wasser und Energie unterbrochen war. Selbst Leichen von Verstorbenen blieben an Ort und Stelle liegen. Einige Bunkerbewohner versuchten, dem Bunker über die S- und U-Bahn-Tunnel in der Nähe des Bahnhofs zu entfliehen.

Am Mittag des 29. April 1945 begannen die sowjetischen Truppen ihren Vorstoß in Richtung des Anhalter Bahnhofs und wurden in schwere Gefechte mit den SS-Truppen verwickelt, die ihn verteidigten. Diese Gefechte dauerten zwei Tage an und endeten erst am 1. Mai mit der Einnahme des Bunkergeländes. Während des Kalten Krieges wurde der Bunker als Lagerstätte für die Senatsreserve West-Berlins genutzt.

Im Jahr 2014 wurde der Berlin Story Bunker eröffnet. Mehrere Ausstellungen bringen hier Besuchern die Geschichte Berlins einschließlich der Geschichte des Bunkers und des nationalsozialistischen Deutschlands näher.