Während die Ghettoisierung der Juden unter der Besatzung stattfand, arbeitete Cywia weiter an der Organisation der jüdischen Jugend. Sie bereitete Kibbuz in den Warschauer Stadtteilen Grochów und Czerniaków vor und gehörte zu den Gründern des Antifaschistischen Blocks im Warschauer Ghetto. Die Aufgabe des Blocks war es, Selbstverteidigung zu lehren, "Tapferkeit" zu schaffen und die Jugendlichen auf "harte Zeiten" vorzubereiten. 

Während der Besatzung blieb sie im Bildungsbereich aktiv. Sie richtete Untergrundseminare ein, zu deren Dozenten beispielsweise Janusz Korczak und Stefania Wilczyńska gehörten (die Gründer des Hauses für Waisen, eines Warschauer Waisenhauses für jüdische Kinder, das zwischen 1912 und 1942 tätig war). Die Studenten kamen aus verschiedenen Teilen des besetzten Polens zu den Seminarkursen. 

Als die "Große Aktion" (die Vernichtungsaktion der deutschen Besatzer im Warschauer Ghetto) am 22. Juli 1942 begann, gehörte Cywia zu den Gründern der Jüdischen Kampforganisation, war aber selbst nicht Teil des Kommandos. Zu dieser Zeit war sie Mitglied des Jüdischen Nationalkomitees, eines geheimen Zusammenschlusses von jüdischen Organisationen und Parteien, der die einheitliche Stimme der Gemeinschaft in Polen vertreten sollte. 

Im Januar 1943 fand die so genannte "Januar-Aktion" statt, bei der es zum ersten bewaffneten Widerstand der Juden im besetzten Europa kam. Der Widerstand überraschte die deutschen Streitkräfte und veranlasste sie, sich aus dem Ghetto zurückzuziehen und die Vernichtungsaktion zu stoppen. 

Im April 1943 fand im Warschauer Ghetto ein Aufstand statt, der auch in anderen Ghettos im besetzten Polen seinen Widerhall fand. Cywia nahm an dem Aufstand teil, obwohl sie nicht mit einer Waffe in der Hand kämpfte. Davon gab es zu wenige, und Cywia konzentrierte sich auf die medizinische und psychologische Betreuung der Ghettobewohner. Einige Tage vor der Niederschlagung des Aufstandes gelang es Cywia und einigen anderen Juden, durch die Kanalisation aus dem Ghetto in die Vorstadt Łomianki zu gelangen. Cywia erinnert sich an diesen Moment wie folgt: 

"Alles kam uns ungewöhnlich vor, uns wurde schwindelig. Überall um uns herum war ein grüner Wald, ein schöner Frühlingstag. Es war lange her, dass wir den Wald, den Frühling und die Sonne gerochen hatten (...) Ich brach in Tränen aus. Im Ghetto war es oft so schwer für mich (...), aber dort war es verboten zu weinen. Jetzt konnte ich es mir erlauben."  

Cywia kehrte nach Warschau zurück. Sie nahm 1944 am Warschauer Aufstand teil und versteckte sich nach dessen Kapitulation unter falschem Namen, bis die Rote Armee in Grodzisk Mazowiecki, in der Nähe von Warschau, einrückte. Die Freude über die Freiheit währte nicht lange, und Cywia begann zusammen mit anderen Überlebenden, sich für die überlebenden Juden einzusetzen.    

1946 reiste sie nach Palästina, wo sie als Heldin begrüßt wurde. Nach der Ausrufung der Unabhängigkeit Israels gründete sie dort einen Kibbuz - Lochame-ha-Geta'ot (Ghettokämpfer), wo sie 1978 starb.