Lorsque l'Armée rouge atteignit les régions occidentales de la Pologne, en juillet 1944, les Juifs du camp de concentration de Lublin-Majdanek furent déportés au camp de Stutthof. Durant l'été, 23 600 prisonniers juifs d'Auschwitz (principalement des femmes venant de Hongrie), ainsi que 10 000 Juifs du ghetto de Kovno arrivèrent également à Stutthof. Des déportations plus massives encore débutèrent en août 1944 depuis les camps et les ghettos des pays baltes, en particulier ceux de Riga, Vilnius et Kovno. À titre de comparaison, seuls 3 % des 37 600 prisonniers étaient juifs en juin 1944 et à la fin de l'année, environ 50 000 Juifs avaient été déportés à Stutthof (dont 98 % de femmes), devenant ainsi le groupe de prisonniers le plus important du camp. Le camp de Stutthof devint alors surpeuplé et les conditions de vie se détériorèrent rapidement. Les Juifs furent séparés et isolés des autres prisonniers. Ils vécurent dans des conditions primitives, dans des baraquements surpeuplés et en l'absence d'équipements sanitaires de base. Les rations de nourriture étaient quant à elles ridiculement petites. Une chambre à gaz fut installée, permettant de tuer des groupes de 25 à 30 Juifs à la fois. En janvier 1945, près de 9 400 Juifs avaient ainsi été tués. Toutefois, les derniers mois furent les plus terribles. Après la première marche de la mort, en janvier, environ 7 000 femmes juives furent laissées au camp de Stutthof. Seules 1 500 d'entre elles survécurent à la guerre, en raison notamment des marches de la mort qui suivirent.