​​Il porto di Augusta fu una importante piazzaforte fin dal XVI secolo. Il regime fascista si impegnò a potenziarlo, costruendo un hangar per dirigibili, l‘idroscalo e una diga. A partire dal 1934 la Marina vi stabilì una Base navale per il pattugliamento del Mediterraneo e dal 1938 la Scuola di addestramento per tenenti di vascello. Con lo scoppio della guerra ospitò il gruppo sommergibili e i mezzi d’assalto della X Mas. Nel settembre 1941 venne costituita la Piazza Militare Marittima affidata prima a Luigi Notarbartolo e poi, dall’8 giugno 1943, all’ammiraglio Priamo Leonardi, che aveva per Capo di Stato Maggiore il capitano di fregata Luigi Gasparrini. 

​Pesantemente bombardata il 13 maggio, la base restava il principale baluardo dell’isola. Alle 10.35 del 12 luglio 1943 il cacciatorpediniere inglese Eximoor e quello greco Kanaris1 entrarono nella rada di Augusta e il giorno dopo le truppe britanniche entrarono ad Augusta indisturbate. Il 17 luglio 1943 in due delle grotte presenti nel canale di Brucoli, dove molte persone si erano rifugiate per ripararsi dai bombardamenti, 50 persone persero la vita per un lancio di alleggerimento tedesco. La base è rimasta sotto controllo inglese fino al 1946; poi ha ripreso a funzionare nel 1951, ospitando vari reparti e centri di addestramento. Oggi è un importante arsenale con impianto di smagnetizzazione; ospita inoltre una base Nato, la sede del Comforpat e il Comando militare autonomo della Sicilia. Il complesso conserva vari segni di memoria, tra i quali il memoriale di Terravecchia, eretto nell'1968 per ricordare la missione a La Valletta; e il monumento del 1995 che ricorda l‘ultima missione della Seconda guerra mondiale. Il Museo è stato istituito nell’ottobre 1986 per iniziativa di Tullio Marcon, che lo ha diretto fino alla morte nel 2006. Nel dicembre 1990 è stato aperto al pubblico presso il bastione san Giacomo del Castello Svevo.   

​Chiuso nel gennaio 1996, il Museo è stato riaperto nel 2009. Dal maggio 2012 è ospitato nel Palazzo di Città. 

​Il Museo si prefigge di catalogare, conservare ed esibire cimeli, reperti storici, fotografie e varie documentazioni riguardanti la città di Augusta,  all’aviazione e alla marina, con particolare riferimento all’Operazione Malta 2 e all’affondamento del Conte Rosso nel 1941.​