Nel luglio 1942, il Ministero della Guerra italiano istituì il campo come “Campo prigionieri di guerra n. 73” per ospitare i soldati e i sottufficiali alleati catturati in Nord Africa. Questa funzione continuò fino all'8 settembre 1943, quando i tedeschi occuparono il campo e deportarono i prigionieri in Germania.

Dal 5 dicembre 1943 al 15 marzo 1944, sotto la Repubblica Sociale Italiana, il campo servì come campo di concentramento per ebrei, definito come uno dei siti di concentrazione degli ebrei italiani e stranieri privati dei diritti civili e politici. Il primo convoglio verso Auschwitz partì il 22 febbraio 1944 e tra gli oltre 600 deportati c'era anche il famoso scrittore ebreo italiano Primo Levi.

Dal 15 marzo 1944 all'inizio di agosto 1944 il campo divenne un campo di transito e di polizia tedesca. Ospitava ebrei e oppositori politici destinati alla deportazione in Germania. La doppia gestione del campo da parte delle SS e delle autorità italiane ha reso complessa la ricostruzione degli eventi e l'indagine sui deportati di Fossoli.

Dopo la liberazione di Roma e Firenze, le operazioni del campo si spostarono a nord. Almeno sei convogli di ebrei e un grosso convoglio di deportati politici lasciarono il campo per i campi di concentramento come Mauthausen e i suoi sottocampi. In questo periodo passarono da Fossoli circa 2.800 ebrei, la maggior parte dei quali destinati ad Auschwitz o Bergen-Belsen.

Nel dopoguerra il campo servì a vari scopi, tra cui come centro di raccolta del lavoro forzato per la Germania, campo profughi e villaggio per i rifugiati giuliano-dalmati. L'ultima fase di occupazione si concluse nel 1970 e il sito cadde in degrado.

Oggi il Campo di Fossoli è gestito dalla Fondazione Fossoli. Il sito comprende lo storico Campo di Fossoli, il Museo Monumento al Deportato e il complesso delle ex sinagoghe di Carpi. La Fondazione intende preservare la memoria della storia del campo ed educare le generazioni future sulle atrocità del XX secolo.