All'inizio del XX secolo il Forte Breendonk fu costruito per proteggere il porto e la città di Anversa. Durante la seconda guerra mondiale il forte divenne ufficialmente l'Auffanglager Breendonk, un campo di transito e un importante centro per la Sicherheitspolizei-Sicherheitsdienst (SIPO/SD), la polizia politica tedesca. Durante il primo anno di occupazione tedesca, gli ebrei costituirono la metà del totale dei prigionieri di Fort Breendonk. Dal 1942, la Kazerne Dossin (Caserma Dossin) di Mechelen fu il luogo in cui gli ebrei furono radunati prima della loro partenza per i campi di sterminio. Il Forte Breendonk ospitava principalmente prigionieri politici e membri della Resistenza. I prigionieri rimanevano in media tre mesi nella fortezza, prima di essere deportati in un campo di concentramento in Germania, Austria o Polonia occupata.

Anche se Fort Breendonk era un campo piccolo, il regime instaurato qui dai nazisti non differiva affatto da quello dei campi di concentramento in Germania. Anche a Breendonk la denutrizione e il lavoro forzato logoravano il corpo e la mente dei prigionieri. Anche qui l'immancabile crudeltà fisica provocava la morte dei prigionieri. Il 31 agosto 1944 i tedeschi svuotarono il campo e trasferirono i loro prigionieri al Campo di Vught, nei Paesi Bassi. Cinque giorni dopo, i liberatori britannici presero possesso del campo e rinchiusero i prigionieri di guerra tedeschi e gli “antipatrioti”. Nel 1947 il Parlamento belga progettò la creazione del Memoriale di Breendonk. Oggi, ogni anno, l'Associazione Nazionale dei Sopravvissuti di Breendonk organizza un pellegrinaggio nazionale sul sito. Nel 2003 è stata effettuata una ristrutturazione completa dell'area espositiva. La missione del museo è trasmettere alle nuove generazioni un messaggio di tolleranza, rispetto e valori umani.