I primi prigionieri, trasportati da Dachau, arrivarono a Flossenbürg il 3 maggio 1938. Alla fine del 1938, il campo ospitava quasi 1.500 prigionieri e alla fine del 1939 si aggiunsero circa 1.000 prigionieri politici, soprattutto tedeschi. La popolazione del campo continuò a crescere, con un afflusso di circa 1.500 prigionieri polacchi nel 1941, molti dei quali provenienti dalla resistenza polacca. Alla fine del 1941, Flossenbürg ospitava circa 3.150 prigionieri, oltre a 1.750 prigionieri di guerra sovietici.

Il lavoro forzato era un aspetto centrale della vita a Flossenbürg. I prigionieri lavoravano nella costruzione del campo, nella vicina cava di granito e successivamente nella produzione di armamenti. Le dure condizioni di lavoro, unite all'inadeguatezza del cibo, delle cure mediche e delle malattie, portarono ad alti tassi di mortalità. Nel febbraio 1943, il campo ospitava più di 4.000 prigionieri e, nel marzo 1945, quasi 53.000 prigionieri si trovavano nel sistema del campo di Flossenbürg, di cui circa 14.500 nel campo principale.

Il campo fu testimone di numerose atrocità, tra cui fucilazioni ed esecuzioni di massa. Alla fine del 1941 furono fucilati più di 1.000 prigionieri di guerra sovietici e nel 1944 furono uccisi 40 prigionieri di guerra sovietici identificati come capi di una rivolta. Nell'aprile 1945 furono giustiziati diversi prigionieri di spicco legati alla cospirazione del 20 luglio 1944 contro Hitler, tra cui l'ammiraglio Wilhelm Canaris, il generale Hans Oster e il pastore Dietrich Bonhoeffer.

Con l'avvicinarsi delle forze alleate, le SS iniziarono a evacuare i prigionieri da Flossenbürg a metà aprile 1945. Migliaia di persone morirono durante queste marce forzate, per sfinimento, fame o esecuzione. Il 358° e il 359° reggimento di fanteria statunitense liberarono Flossenbürg il 23 aprile 1945, trovando poco più di 1.500 prigionieri. Si stima che circa 30.000 prigionieri morirono a Flossenbürg e nei suoi sottocampi o lungo le vie di evacuazione.

Oggi il Memoriale di Flossenbürg è un luogo di memoria e di educazione. Include resti conservati del campo, un museo e risorse didattiche, fornendo una comprensione completa della storia del campo e del suo ruolo nell'Olocausto. Quasi 97.000 prigionieri sono passati attraverso il sistema di Flossenbürg e il memoriale assicura che le loro storie e le lezioni apprese da questo oscuro capitolo della storia non vengano dimenticate.