Op 2 november ging de strijd in Vlissingen z’n tweede dag in. Het geallieerde doel was om de verdere stad te veroveren. De eerste opmars verliep voorspoedig, hoewel verschillende commando-eenheden in felle straatgevechten met Duitse eenheden verwikkeld raakten. Tegen het einde van de middag hadden de geallieerden het grootste deel van de oude stad onder controle. Schotse eenheden lukte het ook de nieuwere wijken van Vlissingen te bevrijden, terwijl Franse troepen zich bezighielden met de zware bunker op de kruising van de Coosje Buskenstraat, Boulevard Evertsen en Boulevard de Ruyter. Na langdurige beschietingen gaven de Duitse troepen zich over.

Vanwege de hevige gevechten en beschietingen hadden veel Vlissingers hun toevlucht gezocht in de kelder van het hoofdkantoor van scheepvaartmaatschappij De Schelde en het bij de scheepswerf gelegen Sint Josephziekenhuis. Het lukte hen uiteindelijk om via de telefoon van de Luchtbeschermingsdienst contact te krijgen met de geallieerde legerleiding. Er werd afgesproken dat er een halfuur geen beschietingen zouden plaatsvinden. Hierdoor konden ongeveer 400 mensen veilig naar het reeds bevrijde deel van Vlissingen vluchten. Een groot aantal van hen werd vervolgens met landingsvaartuigen geëvacueerd naar Breskens. De weg was nu vrij om het Duitse hoofdkwartier te bereiken, het verderop gelegen Hotel Britannia op de Boulevard Bankert.

Op 3 november brandde een hevige eindstrijd los. Eenheden van de King’s Own Scottish Borderers vochten zich een weg door de straten naar het noordelijke deel van de stad, terwijl Nr. 4 Commando en de 7de en 9de Royal Scotts het Duitse verzet langs de boulevards naar het westen en richting Hotel Britannia opruimden. Grote delen van de landzijde van het hotel waren onder water gezet, waardoor het voor de commando's moeilijk was om het hotel te naderen. Met een laatste aanval lukte het de Royal Scots het hotel in te nemen. Bij de slag om Hotel Britannia verloren achttien Schotten en vijftig Duitsers het leven. Van het hotel bleef niet veel meer over dan een ruïne.

Vlissingen was bevrijd, maar kwam zwaargehavend uit de strijd. Van de 6200 woningen waren er meer dan 2.000 verwoest of zwaar beschadigd. Meer dan 2000 huizen stonden onder water. Slechts 2150 woningen waren nog bewoonbaar. In de Walstraat, de belangrijkste winkelstraat van Vlissingen, kwam slechts één pand de oorlog ongeschonden door.