Voor de oorlog is de joodse gemeenschap in Elburg klein maar levendig. Sinds 1700 wonen joodse families in het historische stadje. De synagoge is een ontmoetingsplaats voor gebed, studie en sociaal samenzijn. Rond 1930 wonen er 34 joden in Elburg. Echter, met de opkomst van het Duits nationaalsocialisme en de daaropvolgende bezetting van Nederland, begint de situatie voor de joodse bevolking snel te verslechteren. Vanaf 1941 worden stap voor stap anti-joodse maatregelen ingevoerd, waaronder gedwongen registratie en deportatie. De Elburgse joden moeten hun eigendommen afstaan en worden onderworpen aan discriminerende wetten. De synagoge, eens gevuld met gebeden en liederen, wordt het symbool van onderdrukking.

De deportaties van de Elburgse joden beginnen in 1942. Door medewerking van de Nederlandse autoriteiten lukt het de Duitse bezetter om hen via doorgangskamp Westerbork te deporteren naar de concentratie- en vernietigingskampen in het oosten van Europa. De meesten komen zo om het leven. De eens zo levendige joodse gemeenschap van Elburg is genadeloos uitgewist. De synagoge zelf ondergaat ook een tragisch lot. Tijdens de bezetting wordt het gebouw door de Duitse bezetter gebruikt voor opslag. De kostbare rituele objecten in de synagoge worden geconfisqueerd. Na de oorlog is de synagoge een leeg en treurig overblijfsel van wat ooit een bloeiende gemeenschap is geweest. Slechts een kwart van de Elburgse joden overleeft de oorlog.

Na de oorlog worden er inspanningen gedaan om de synagoge te herstellen en de herinnering aan de verloren gemeenschap levend te houden. Het gebouw is gerestaureerd en omgevormd tot een herdenkingsplaats en museum. Hier worden de verhalen verteld van degenen die hun leven verloren en degenen die de Holocaust hebben overleefd. De joodse synagoge van Elburg staat nu als een stille getuige van de donkere dagen van de geschiedenis. Het dient als een gedenkplaats voor de slachtoffers van de Holocaust en als een herinnering aan de noodzaak om de herinnering aan deze tragedie levend te houden. In de schaduw van de eeuwenoude muren worden bezoekers van het Museum Sjoel Elburg herinnerd aan de kostbare waarde van tolerantie, begrip en het streven naar vrede.