De Berlin Story Bunker werd in 1942 als de Anhalter Hochbunker gebouwd naar aanleiding van de voorschriften voor de bouw van schuilkelders in bepaalde centra met veel verkeer. De bunker herbergde niet alleen schuilkelders voor de reizigers en plaatselijke bevolking, maar ook kamers en kantoren voor topfunctionarissen van de spoorwegen. Het pand werd gebouwd van gewapend beton, bestond uit drie bovengrondse en twee ondergrondse verdiepingen en had muren met een dikte van vier en een halve meter. Hoewel het Anhaltstation zwaar werd beschadigd in februari 1945, bleef de bunker in gebruik.

In april 1945 vormde het station een belangrijk verdedigingselement van de stad en werd het beschermd door leden van de Franse SS-divisie Charlemagne. Het Anhaltstation en de bunker bevonden zich op 26 april binnen het bereik van de artillerie van het 8e Gardeleger van de Sovjet-Unie. Sovjettroepen probeerden het nabijgelegen Landwehrkanal over te steken nadat de terugtrekkende Duitse troepen de bruggen over het kanaal hadden vernietigd. Op dat moment zat de bunker overvol. Minstens 10.000 inwoners van Berlijn waren uit het zuiden van de stad naar binnen gevlucht om te schuilen voor het oprukkende 8e Gardeleger. Dit leidde tot rampzalige toestanden. De voedsel-, water- en stroomvoorziening waren versperd en lichamen van slachtoffers werden op de sterfplaats achtergelaten. Sommige mensen probeerden de bunker te verlaten via de S-Bahn- en U-Bahn-tunnels in de buurt van het station. De Sovjettroepen begonnen hun opmars naar het Anhaltstation rond het middaguur op 29 april 1945 en voerden hevige gevechten met de verdedigende SS-troepen.

De gevechten hielden twee dagen aan en eindigden pas met de inname van het gebied op 1 mei. Tijdens de Koude Oorlog werd het gebruikt voor de opslag van West-Berlijnse strategische reserves. In 2014 werd de Berlin Story Bunker geopend met diverse tentoonstellingen over de geschiedenis van Berlijn, waaronder die van de bunker zelf, en van nazi-Duitsland.