Het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog onderbrak zijn opleiding. Nadat deze was afgelopen, besloot hij te vertrekken en zijn toekomst te verbinden aan de geestelijkheid. Hij begon zijn studie aan het Salesiaanse centrum voor late roepingen uit Tsjechië in Perosa Argentine, Italië. Hij werd priester gewijd op 1 juli 1932 en promoveerde aan de Gregoriaanse Universiteit in Rome.

Hij keerde terug naar Tsjechië, waar hij begon met het verspreiden van Salesiaanse ideeën, het bouwen van onderwijscentra en kerken, en ook begon met het ondersteunen van bijvoorbeeld een filosofisch studentenhuis (klooster) met een internaat voor Tsjechen en Slowaken. In de jaren 1930 was het werk van priester Trochta dynamisch, dankzij de steun van lokale gemeenschappen en de hulp van de Tsjecho-Slowaakse autoriteiten. Aan het einde van het decennium maakte Tsjecho-Slowakije, en al snel heel Europa, echter moeilijke tijden door. Trochta's thuisland werd geannexeerd door Duitsland en Slowakije werd een marionettenstaat.

In Nazi-Duitsland werden niet alleen Joden, Roma en homoseksuelen vervolgd. Ook geestelijken, waaronder katholieke, kregen te maken met terreur in het land. Himmler, Goebbels en Hans Frank hadden het over het bestrijden van de geestelijkheid. De latere vice-protector van Bohemen en Moravië, Reinhard Heydrich, een van de organisatoren van de Wannseeconferentie en dus de daders van de Holocaust, had haat tegen verschillende religieuze denominaties en gaf zelfs orders aan de Gestapo om elke uiting van religieuze oppositie aan te pakken. Tijdens het Nazi-tijdperk werden priesters, nonnen en monniken gearresteerd, katholieke scholen werden gesloten, kerkelijke eigendommen werden toegeëigend en christelijke jeugdorganisaties, waaronder Salesianen, werden ontbonden. Katholieke priesters werden systematisch onderdrukt. In Dachau, een modelconcentratiekamp voor andere plaatsen van dit type, was er een speciale, aparte barak (nr. 26) voor katholieke en protestantse geestelijken. Er werden meer dan 400 mensen vastgehouden.

Vergelijkbare onderdrukkingen vielen Tsjechische culturele en religieuze centra ten deel. Bijna 500 priesters en monniken werden opgesloten in concentratiekampen. Op 27 mei 1942 vermoordde de Tsjechische verzetsbeweging Heydrich. Een dag later begon de wraak in het bezette land met een verdubbelde kracht van terreur. De dag na de aanslag werd Štěpán Trochta gearresteerd en naar het concentratiekamp Theresienstadt gestuurd. Zijn "schuld" waren contacten met de nuntiatuur en geheime contacten met Italië.

Na korte tijd werd de priester naar volgende concentratiekampen gestuurd, in Mauthausen en Dachau. Eén keer ontsnapte hij op miraculeuze wijze aan de dood - hij werd samen met 7 andere gevangenen opgeroepen om te werken bij het legen van latrines tijdens het appèl. Terwijl hij een kar vol afval voortduwde, gleed Štěpán Trochta uit op zijn houten schoenen. Een ongeduldige SS'er schoot twee keer op hem. De priester viel op de grond en deed alsof hij dood was, in de hoop dat de Duitser hem niet zou komen doden. De gewonde man werd op een kar gegooid die de lijken naar het crematorium vervoerde. Liggend tussen dode medegevangenen verloor Štěpán Trochta het bewustzijn. Gelukkig voor hem brachten de gevangenen hem niet naar de plek waar het alarm afging, waardoor zijn werk eindigde en iedereen werd opgeroepen voor het avondappèl. Štěpán Trochta werd wakker, scheurde een stuk kleding van een dode gevangene af, verbond zichzelf en ging naar het kampziekenhuis.

Trochta leefde tot zijn vrijheid in het kamp Dachau, waar zijn medegevangenen hem herinnerden als een persoon die anderen altijd hielp, niet alleen materieel, maar ook geestelijk, waaronder: het delen van voedsel uit pakketten en het toedienen van sacramenten.

Na de oorlog keerde hij terug naar Tsjecho-Slowakije. Paus Pius XII benoemde hem tot bisschop, maar hij werd al snel onderdrukt door de communistische autoriteiten, die hem interneerden en vervolgens veroordeelden tot 25 jaar gevangenisstraf. De gepensioneerde werkte als bouwvakker. In 1962 ging hij met pensioen en woonde hij in een verpleeghuis onder toezicht van de militie. Hij stierf in 1974.