Wkrótce po rozpoczęciu wojny, 12 maja 1940 r. miał miejsce pierwszy nalot na Akwizgran. Do czasu rozpoczęcia walk o miasto 12 września 1944 r. (wraz z przekroczeniem zachodniej granicy i atakiem na Wał Zachodni 15 września), w 64 mniejszych i pięciu dużych atakach zginęły łącznie 2364 osoby. Ponadto samo miasto zostało poważnie zniszczone.

Po ponad pięciu tygodniach walk w mieście, z których część toczyła się od ulicy do ulicy z użyciem czołgów i artylerii, 43% z około 14 000 domów w mieście zostało całkowicie zniszczonych, a kolejne 40% uszkodzonych. Spośród 68 kościołów i kaplic w Akwizgranie, 25 zostało zniszczonych, a 43 inne poważnie uszkodzone. Historyczny ratusz również legł w gruzach, ponieważ ostatnie średniowieczne budynki mieszkalne padły ofiarą zniszczeń. Chociaż katedra w Akwizgranie została poważnie uszkodzona przez bombardowania, jej podstawowa konstrukcja została zachowana.

W przypadku budynków na Annastrasse, zniszczenie Annakirche, najstarszego kościoła protestanckiego w Akwizgranie, zostało szczególnie dokładnie udokumentowane. Kościół spłonął podczas nalotu bombowego 14 lipca 1943 r., a w kwietniu 1944 r. ucierpiał dom pastora i sala parafialna. Jednak największe zniszczenia w Annastrasse, których ofiarą padła również południowa ściana i wieża kościoła, były wynikiem ostrzału artyleryjskiego podczas bitwy o Akwizgran.

Odbudowa miasta rozpoczęła się już w listopadzie 1944 roku. Pierwszym priorytetem była odbudowa budynków mieszkalnych, początkowo na prowizorycznych zasadach, ponieważ wkrótce po kapitulacji Akwizgranu do miasta powracało nawet 5000 osób tygodniowo. Dyskusje na temat celów i realizacji odbudowy, w szczególności traktowania zabytków architektury, trwały do lat 80-tych. Do tego czasu większość zniszczeń wojennych została usunięta z krajobrazu miasta. Jednak tam, gdzie nie wzniesiono nowych budynków, a zamiast tego obszary te zostały wykorzystane jako np. parkingi, pozostałości i ślady zniszczonych budynków można zobaczyć do dziś.