W trakcie wojny rola Stutthofu uległa zmianie. Stał się ważnym miejscem w systemie obozów koncentracyjnych, założonych w całej Europie. Przewieziono tu tysiące Żydów (w większości kobiet) z Auschwitz, a jeszcze więcej z gett i obozów w państwach bałtyckich. Zamknięto je w tzw. „obozie żydowskim”, gdzie dziesiątkował je głód, choroby i wycieńczenie przymusowymi robotami. Tysiące kobiet zagazowano w komorach. Ze względu na swe położenie w pobliżu Prus Wschodnich Stutthof znalazł w zasięgu nacierającej Armii Czerwonej już na początku 1945 r. Więźniów, którym udało się do tego momentu przetrwać, zmuszono do niezwykle brutalnej ewakuacji. W środku surowej zimy, będący już w złym stanie i na poły zagłodzeni, zostali zmuszeni do marszu na zachód. Niezdolnych do posuwania się naprzód zabijali strażnicy niemieccy.