W styczniu 1944 roku Werner dobrowolnie zgłosił się do Waffen-SS i został przeszkolony w jednostce łowców czołgów położonej w Rastenburgu (Kętrzyn). Mając zaledwie 18 lat, Sturmmann (kapral) Krüger został przeszkolony jako strzelec w Jadgpanzer IV (łowca czołgów IV). Po ukończeniu szkolenia Werner i pozostali członkowie jego jednostki zostali wysłani do belgijskiego Mons, aby osłaniać niemieckie wojska wycofujące się z Normandii. Alianci nacierali jednak w takim tempie, że wkrótce i jednostka Wernera była zmuszona do odwrotu. Po wycofaniu jego jednostka została przeniesiona do Arnhem, dokąd przybyli 15 września 1944 roku. Na dwa dni przed rozpoczęciem operacji Market Garden rozpoczęła się największa aliancka operacja lotnicza w historii. 23 września Werner i jego załoga próbowali napaść na Hartenstein-Hotel, wówczas stanowiący siedzibę wojsk brytyjskich walczących w Arnhem. Podczas tego ataku ich czołg został trafiony dwunastokrotnie, a on i jego kompani byli zmuszeni do porzucenia pojazdu. Po zakończeniu walki Werner widział w hotelu Tafelberg wielu rannych brytyjskich spadochroniarzy. Jeden z nich tuż przed śmiercią podarował mu swój dziennik. Werner następnie brał udział w walkach na Froncie Wschodnim i został ostatecznie pojmany przez amerykańską armię. Został uwolniony i powrócił do swojego domu w strefie okupowanej przez Sowietów; uciekł jednak po tym, jak służby specjalne odkryły jego położenie. Po wojnie aktywnie udzielał się w lokalnej polityce. Wziął udział w filmie dokumentalnym o ostatnich niemieckich żyjących uczestnikach walki o Arnhem, a jego historia jest także przedstawiona w książce „Weggemoffeld” autorstwa Ingrid Maan.