Begin 1943 werden alle kloostergebouwen toegewezen aan de Hitlerjugend. Die richtte er een commandopost in. Ook werd er in het kader van de Kinder Land Verschickung (KLV) een KLV-kamp ingericht voor kinderen van nazigezinde ouders uit Nederland (Den Haag en Rotterdam) en Duitsland (Bielefeld). Op het platteland waren ze immers veiliger dan in de zwaar gebombardeerde Duitse steden.

Niettemin werd onder toezicht van Rijkscommissaris Seyss Inquart meteen begonnen met de bouw van een kolossale, uit gewapend beton opgetrokken schuilkelder (Luftschutzbunker) voor de kinderen. De schuilplaats bood plaats aan ongeveer 200 personen en beschikte over voorzieningen als douches, slaapplaatsen en een kapel. Twee tunnels verbonden de bunker met het schoolgebouw. De term bunker is overigens niet correct omdat het ondergronds complex nooit een gevechtsfunctie heeft gehad.

De bunker raakte na de bevrijding in verval. Dit veranderde in 2006 toen de Stichting op Vleugels der Vrijheid de bunker in gebruik nam, restaureerde en er rondleidingen ging verzorgen. Kijk voor meer informatie op www.opvleugelsdervrijheid.nl.

Een monument op de parkeerplaats van Abdij Lilbosch herinnert aan alle geallieerde vliegeniers die tijdens WO2 crashten in de gemeente Echt- Susteren. Op 10 september 1942 stortte een Short Stirling, een bommenwerper van de Royal Air Force, neer in een moerassig weiland naast de abdij. Bij de crash verloren twee vliegeniers hun leven, werd er één gevangen genomen, wist er één te ontsnappen en zijn er tot op heden vier nog steeds vermist. Bij de crash kwamen ook koeien en paarden in de wei om het leven of raakten ernstig verbrand.