Der Hafen von Augusta in der ostsizilianischen Provinz Syrakus wurde bereits im 16. Jahrhundert zu einer wichtigen Festung. Das faschistische Regime Italiens wertete die Festung auf und baute einen Luftschiffhafen, einen Hafen für Wasserflugzeuge und einen Damm. Ab 1934 richtete die italienische Marine hier einen Stützpunkt für Patrouillen im Mittelmeer ein und ab 1938 war in der Festung eine Ausbildungsschule für Oberleutnants untergebracht.

Im September 1941 wurde die Piazza Militare Marittima (Maritimer Militärplatz) eingerichtet, die zunächst Luigi Notarbartolo und ab dem 8. Juni 1943 Admiral Priamo Leonardi, sowie dessen Stabschef Fregattenkapitän Luigi Gasparrini war, anvertraut wurde. Obwohl der Stützpunkt am 13. Mai 1943 schwer bombardiert wurde, blieb er die Hauptbefestigunganlage der Insel. Am 12. Juli 1943 um 10.35 Uhr liefen der britische Zerstörer Exmoor und der griechische Zerstörer Kanaris 1 in den Liegeplatz von Augusta ein, und am nächsten Tag zogen die britischen Truppen ungestört in die Stadt Augusta ein. Am 17. Juli kamen in zwei der Höhlen des Brucoli-Kanals, in die sich viele Menschen geflüchtet hatten, um sich vor dem Bombardement zu schützen, 50 Menschen durch einen deutschen Blitzschlag ums Leben.

Der Stützpunkt blieb bis 1946 unter vorübergehender britischer Kontrolle, bevor er 1951 wieder in Betrieb genommen wurde und verschiedene Abteilungen und Ausbildungszentren beherbergte. Heute ist er ein wichtiges Arsenal mit einer Entmagnetisierungsanlage für Schiffe und beherbergt einen NATO-Stützpunkt, das Hauptquartier der COMFORPAT (Patrouillentruppe für Überwachung und Küstenschutz) und das Autonome Militärkommando von Sizilien. Der Komplex beherbergt verschiedene Gedenkstätten, darunter das Terravecchia-Denkmal, das 1968 zum Gedenken an den Einsatz in Valletta errichtet wurde, und das Denkmal von 1995, das an den letzten Einsatz des Zweiten Weltkriegs erinnert.

Die Museumssammlung wurde im Oktober 1986 auf Initiative des Schifffahrtshistorikers Tullio Marcon eingerichtet. Im Dezember 1990 wurde die Sammlung in der Jakobsbastei von Castello Svevo der Öffentlichkeit zugänglich gemacht und Tullio leitete sie bis zu seinem Tod im Jahr 2006. Im Januar 1996 wurde das Museum vorübergehend geschlossen und 2009 wiedereröffnet. Seit Mai 2012 ist die Sammlung im Palazzo di Città (Stadtpalast) untergebracht, wo sie heute besichtigt werden kann.

Ziel des Museums ist es, Relikte, historische Artefakte, Fotos und verschiedene Dokumente über die Stadt Augusta, die italienische Luftwaffe und die Marine zu katalogisieren, zu bewahren und auszustellen. Besondere Aufmerksamkeit wird der Operation Malta 2 und dem Untergang des transatlantischen Ozeandampfers Conte Rosso im Jahr 1941 gewidmet.